Chromatin Regulator | Alias | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KDM6A | KABUK2,UTX | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Related histone modifications: | H3K27me2;H3K27me3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Introduction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Full name:Lysine (K)-Specific Demethylase 6A KDM6A/UTX is ubiquitously-transcribed TPR gene on the X chromosome,escape X inactivation in mice and humans,is a demethylase that specifically demethylates tri- and di-methylations of histone H3K27(H3K27me3/2)(1,3),involving in process like development,differentiation,transcriptional regulation,chromatin remodeling(2,4,6,7,8). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function and Interaction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KDM6A regulates the expression of HOX genes by demethylating H3K27me3/me2 and thereby antagonizing the repression mediated by polycomb proteins(1,2).UTX(ubiquitously-transcribed TPR gene on the X chromosome) gene escapes X inactivation in mice and humans(3).KDM6A associates with the H3K4me3 histone methyltransferase MLL2 supports a model in which the coordinated removal of repressive marks,polycomb group displacement,and deposition of activating marks are important for the stringent regulation of transcription during cellular differentiation(4).KDM6A has been proven essential during normal development, as it is critically required for correct reprogramming, embryonic development and tissue-specific differentiation(5,7,8).KDM6A plays a histone demethylation-independent role in normal and malignant T-cells through interaction with the BRG1-containing SWI/SNF remodeling complex(6).KDM6A can act as a bona fide tumor suppressor gene in cancer biology,somatic loss-of-function mutations and deletions of UTX gene were identified in multiple cancer types(5,9,10). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Disease Association | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Somatic loss-of-function mutations and deletions targeting the UTX gene were identified in multiple cancer types including multiple myeloma,esophageal and renal cancer(9).Specific loss-of-function defects in UTX were identified in patients with a specific hereditary disorder named the Kabuki syndrome(10). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ChIP-Seq data
ChIP-Seq data of related histone modifications
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References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1.Sengoku, T., and Yokoyama, S. (2011). Structural basis for histone H3 Lys 27 demethylation by UTX/KDM6A. Genes Dev 25, 2266-2277. 2.Agger, K., Cloos, P.A., Christensen, J., Pasini, D., Rose, S., Rappsilber, J., Issaeva, I., Canaani, E., Salcini, A.E., and Helin, K. (2007). UTX and JMJD3 are histone H3K27 demethylases involved in HOX gene regulation and development. Nature 449, 731-734. 3.Greenfield, A., Carrel, L., Pennisi, D., Philippe, C., Quaderi, N., Siggers, P., Steiner, K., Tam, P.P., Monaco, A.P., Willard, H.F., et al. (1998). The UTX gene escapes X inactivation in mice and humans. Hum Mol Genet 7, 737-742. 4.Issaeva, I., Zonis, Y., Rozovskaia, T., Orlovsky, K., Croce, C.M., Nakamura, T., Mazo, A., Eisenbach, L., and Canaani, E. (2007). Knockdown of ALR (MLL2) reveals ALR target genes and leads to alterations in cell adhesion and growth. Mol Cell Biol 27, 1889-1903. 5.Van der Meulen, J., Speleman, F., and Van Vlierberghe, P. (2014). The H3K27me3 demethylase UTX in normal development and disease. Epigenetics 9, 658-668. 6.Miller, S.A., Mohn, S.E., and Weinmann, A.S. (2010). Jmjd3 and UTX play a demethylase-independent role in chromatin remodeling to regulate T-box family member-dependent gene expression. Mol Cell 40, 594-605. 7.Welstead, G.G., Creyghton, M.P., Bilodeau, S., Cheng, A.W., Markoulaki, S., Young, R.A., and Jaenisch, R. (2012). X-linked H3K27me3 demethylase Utx is required for embryonic development in a sex-specific manner. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 13004-13009. 8.Wang, C., Lee, J.E., Cho, Y.W., Xiao, Y., Jin, Q., Liu, C., and Ge, K. (2012). UTX regulates mesoderm differentiation of embryonic stem cells independent of H3K27 demethylase activity. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 15324-15329. 9.van Haaften, G., Dalgliesh, G.L., Davies, H., Chen, L., Bignell, G., Greenman, C., Edkins, S., Hardy, C., O'Meara, S., Teague, J., et al. (2009). Somatic mutations of the histone H3K27 demethylase gene UTX in human cancer. Nat Genet 41, 521-523. 10.Miyake, N., Mizuno, S., Okamoto, N., Ohashi, H., Shiina, M., Ogata, K., Tsurusaki, Y., Nakashima, M., Saitsu, H., Niikawa, N., et al. (2013). KDM6A point mutations cause Kabuki syndrome. Hum Mutat 34, 108-110. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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About Chromatin Regulator
Chromatin Regulator Cistrome
is a unique database integrating curated information of CRs, CR ChIP-seq datasets, CR related HM ChIP-seq datasets, and analysis of the relationship between CRs and HMs ChIP-seq pairs in human and mouse.